Kongregacja ds. Edukacji Katolickiej dekretem z dnia 19 marca 2014 roku erygowała Wydział Prawa Kanonicznego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie. Utworzenie Wydziału Prawa Kanonicznego nawiązuje do bogatej historii nauczania prawa kanonicznego w Krakowie, które w latach 1999-2014 realizował Instytut Prawa Kanonicznego, a którego początki wiążą się z utworzeniem Uniwersytetu Jagiellońskiego. Nauczaniu prawa kanonicznego w Polsce wysoką rangę nadał Uniwersytet Krakowski. W akcie fundacyjnym Kazimierza Wielkiego z dnia 12 maja 1364 r. wydział prawa, w porównaniu z pozostałymi wydziałami, tj. sztuk wyzwolonych i medycyny, został jakby uprzywilejowany. Na przewidzianych jedenastu profesorów uczelni, aż ośmiu miało kierować katedrami prawniczymi. Przewidziane były trzy katedry prawa kanonicznego oraz pięć katedr prawa rzymskiego. Pierwsza z katedr prawa kanonicznego była poświęcona Dekretowi Gracjana, druga – Dekretałom Grzegorza IX, trzecia zaś – Księdze VI Bonifacego VIII i Klementynom (ks. T. Pawluk, Prawo kanoniczne według Kodeksu Jana Pawła II, Olsztyn 1985, t. 1, s. 58). 

Wydział Prawa Kanonicznego UPJPII w Krakowie posiada prawo nadawania kościelnego stopnia naukowego licencjata prawa kanonicznego, posiadanie którego jest niezbędnym warunkiem do obejmowania większości urzędów w sądach kościelnych oraz prowadzenia wykładów z prawa kanonicznego w seminariach duchownych. Studia prawa kanonicznego przygotowują również do pracy w zakresie administracji kościelnej. Absolwenci Wydziału – duchowni oraz świeccy – mogą służyć także fachową pomocą w poradnictwie przedprocesowym w zakresie spraw o stwierdzenie nieważności małżeństwa, którego znaczenie zostało bardzo mocno podkreślone przez papieża Franciszka w przeprowadzonej przez niego w roku 2015 reformie kanonicznego procesu małżeńskiego (zob. List apostolski m.p. „Mitis Iudex Dominus Iesus”); ponadto są oni przygotowani do pracy w duszpasterstwie rodzin, które obecnie nabiera szczególnego znaczenia w życiu Kościoła, szczególnie po opublikowaniu przez papieża Franciszka posynodalnej adhortacji apostolskiej „Amoris laetitia” (2016).

Wraz z nowym rokiem akademickim 2016/2017 Wydział Prawa Kanonicznego otwiera jednolite pięcioletnie studia magisterskie z prawa kanonicznego, które kończą się zdobyciem dyplomu magistra prawa kanonicznego. Stąd też absolwenci studiów na Wydziale Prawa Kanonicznego UPJPII w Krakowie będą uzyskiwać dwa dyplomy: dyplom państwowy – magister prawa kanonicznego oraz dyplom kościelny – licencjat prawa kanonicznego. 

W ramach programu kształcenia, w szczególności na trzecim, czwartym oraz piątym roku studiów, zgodnie z wymaganiami Stolicy Apostolskiej, wykładane są wszystkie księgi Kodeksu prawa kanonicznego z 1983 roku oraz pozostałe obowiązujące normy kanoniczne, przepisy polskiego kanonicznego prawa partykularnego i wstęp do Kodeksu kanonów Kościołów wschodnich, a także dyscypliny pokrewne: filozofia prawa i teologia prawa kanonicznego, relacje między Kościołem a społecznością świecką, metodologia prawna, elementy prawa rzymskiego, podstawy prawa cywilnego, historia prawa kanonicznego, elementy psychologii, psychiatrii i medycyny sądowej. Prowadzone są także w ramach prowadzonych studiów ćwiczenia z prawa małżeńskiego, procesowego i administracyjnego oraz realizowana jest praktyka sądowa. Natomiast dwa pierwsze lata studiów poświęcone są w zdecydowanej większości na studiowanie przedmiotów filozoficznych oraz teologicznych, których poznanie jest niezbędne do właściwego zrozumienia roli oraz funkcji prawa kanonicznego we wspólnocie Kościoła. Na wybranym seminarium naukowym pod kierunkiem promotora student przygotowuje pracę magisterską (licencjacką). Przyjęcie pracy przez promotora i wyznaczonego recenzenta, oraz zdanie wszystkich wymaganych egzaminów, upoważnia studenta do złożenia egzaminu magisterskiego (licencjackiego).

W ramach prowadzonej działalności naukowo-badawczej Wydział Prawa Kanonicznego wydaje periodyk „Annales Canonici”. Ten specjalistyczny rocznik prawniczy jest skierowany do środowisk akademickich, praktyków prawa kanonicznego, jak również do wszystkich, którzy są zainteresowani dziedziną prawa kościelnego. W czasopiśmie zamieszczane są artykuły, recenzje, sprawozdania i komunikaty dotyczące zagadnień prawa kanonicznego w Kościele powszechnym oraz w Kościołach partykularnych. Ponadto Wydział Prawa Kanonicznego wydaje raz do roku monografię „Annales Canonici Monographiae”. 

Wydział Prawa Kanonicznego UPJPII w Krakowie opublikował także pierwszy w świecie komentarz do nowego kanonicznego procesu małżeńskiego (Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie, Wydział Prawa Kanonicznego, Praktyczny komentarz do Listu apostolskiego motu proprio Mitis Iudex Dominus Iesus, Tarnów BIBLOS 2015, redakcja naukowa: o. Piotr Skonieczny OP).